Como muitos imaginam, José Bonifácio não possui apenas uma Igreja Matriz. Além da central, São João Batista – grandiosa e imponente no centro da cidade, temos outras duas igrejas que recentemente receberam a nomenclatura de “Matriz”.
A mais famosa delas, a Paróquia São João Batista, que fica na região central da cidade e está situada na Praça Marechal Deodoro da Fonseca, 161. Fundada em 10 de janeiro de 1923, tem como Pároco o Padre Sander Marcos de Freitas Vieira e foi comandada pastoralmente por 57 anos pelo Servo de Deus Ângelo Angioni, até sua morte, em 2008. A Matriz São João Batista é responsável pelas Capelas Urbanas de Santa Terezinha, São Valentim, São Vicente, Nossa Senhora Aparecida, Nossa Senhora do Rosário, Comunidade Santa Luzia e Comunidade Nossa Senhora Aparecida (Bairro Machado) e também pelas Capelas Rurais dos Bairros Bananal, Tanquinho, Barra Grande, Vila Leuza, Matão, Pantaninho, Santa Marta (Salto) e São Sebastião (Cardoso).
Além da Matriz central, temos a Paróquia Sagrada Família e Santos Reis, situada na Rua Ernesto Zanusso, s/n, no Jardim Carlos Cassetari e tem como padroeiro, como o próprio nome já diz, a Sagrada Família e os Três Reis Magos: Melchior, Baltasar e Gaspar. Destaque em sua comunidade, a Paróquia é presidida atualmente pelo Padre Edvando Marcos Barufe sendo responsável pelas Capelas Urbanas de São Bento (Jardim Vitória), Santa Rita de Cássia e São Judas Tadeu (Bairro Primavera) e duas Capelas Rurais particulares nas comunidades Bassan e Ponte Torta.
Considerada a “caçula” entre as Paróquias bonifacianas está a antiga capela de São José, construída a partir de 1976 e teve proclamado como padroeiro São José, Esposo da Virgem Maria e, tornou-se paróquia em 19 de março de 2010, dia de seu padroeiro. Construída na Avenida Joaquim Moreira, traz como Pároco o Padre Mauro Ziati Pereira. Durante os anos de 2010 a 2012, a igreja passou por uma grandiosa reforma, que a tornou mais moderna, aumentando sua capacidade e climatizando o ambiente. A Paróquia de São José é responsável pelas Capelas Rurais Nossa Senhora de Fátima (Monte Alegre), Capela Nossa Senhora Aparecida (Cabeceira de Ubarana), Capela Nossa Senhora Aparecida (Córrego Fundo), Capela Bairro Banco da Terra e pela Capela Urbana São Pelegrino (Jardim Vitoriano).
As Paróquias estão localizadas em três grandes regiões da cidade, abrangendo e acolhendo as comunidades bonifacianas.